Le proteine subiscono una prima digestione nello stomaco, ad opera della pepsina, che porta alla rottura del legame peptidico. Giunte nell’intestino tenue, le proteine, già parzialmente digerite, sono ulteriormente scisse ad opera del succo pancreatico e del succo enterico. Così le proteine vengono scomposte fino agli aminoacidi che poi vengono assorbiti per trasporto attivo, che differisce a seconda del tipo di aminoacido; per alcuni, ad esempio, è necessaria la presenza della vitamina B6. Gli aminoacidi assorbiti, dopo essere giunti al fegato, vengono ridistribuiti alla circolazione generale e possono essere utilizzati per la sintesi di nuove proteine tissutali, la sintesi di proteine plasmatiche, utilizzati per essere inseriti nella via metabolica dei lipidi o essere utilizzati per la produzione di energia. Qualora gli aminoacidi non vengano utilizzati per la sintesi proteica, vengono ossidati direttamente o trasformati in glicidi e lipidi. In entrambi i casi, l’organismo deve rimuovere il gruppo aminico ed effettua questa operazione tramite dei processi che prendono il nome di desaminazione degli aminoacidi (desaminazione idrolitica, ossidativi e riduttiva), transaminazione (trasporto del gruppo amminico ad opera di transaminasi specifiche) e decarbossilazione (trasformazione degli aminoacidi in amine primarie). Lo scioglimento del gruppo aminico porta alla creazione di ammoniaca che viene poi liberata dall’organismo, in parte tramite le urine, in parte tramite una sua trasformazione nel fegato in urea, che a sua volta è sempre eliminata con le urine.

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